Piatra cu pisania ridicării lăcașului, la începutul sec.al 18-lea, nu se mai păstrează. Este posibil să se fi deteriorat și pierdut cu ocazia reparațiilor de după cutremurul din anul 1838.
Biserica ridicată de vornicul Ilie Otetelișanu era un edificiu de dimensiuni restrânse, care urma stilul timpului, stil numit brâncovenesc. Avea o singură turlă, fapt ce rezultă din însemnarea stricăciunilor suferite de biserici pe timpul cutremurului din noaptea de marți spre miercuri, 11-12 ianuarie 1838. Stricăciunile se regăsesc consemnate în Arhivele Statului, Prefectura Dolj, dosar 104 și au fost publicate în revista Arhivele Olteniei din 1931. Pentru biserica Sfântul Ilie era consemnat: Turnul bisericii au crăpat în trei locuri. Doi stâlpi ce sunt în lăuntru au crăpat căzând câteva tencuială.
In urma acelui cutremur, familia ctitorului, prin Iordache și Grigore Otetelișanu, au întreprins refaceri generale, ocazie cu care s-a schimbat total înfățișarea lăcașului. S-a dărâmat turla și s-a construit un acoperiș în două ape, iar spre răsărit (spre altar) și spre apus (intrare), s-au ridicat două frontoane triunghiulare în partea superioară. In acest fel, biserica a luat o înfățișare foarte apropiată de una protestantă.
Pridvorul brâncovenesc a fost înlăturat, iar ca adăpost pentru intrare s-a amenajat, deasupra ușii, o marchiză semiconică acoperită cu tablă. Brâul și registrele care împodobeau exteriorul, ca la toate bisericile brâncovenești, au fost înlăturate. După reparație, numai crucile mai arătau că acel mare șopron era un lăcaș de închinăciune creștin, dar nu spunea nimic despre tradiția ortodoxă. Crucile erau așezate la extremitățile de răsărit și de apus.
La mijlocul sec.al 19-lea, în Oltenia s-au folosit meșteri din Transilvania, atât pentru edificarea de biserici, cât și pentru clădiri civile diverse. Unii dintre aceia au lucrat și la refacerea bisericii Sfântul Ilie. Acei meșteri transilvăneni au impus stilul și planurile lor de construcție, ambele influențate de austeritatea protestantă. Din mâna meșterilor transilvăneni a rezultat un edificiu asemănător cu o magazie mare mai îngrijit finisată.
Pe latura de la intrare, deasupra marchizei, era prevăzută o nișă dreptunghiulară, puțin adâncită, destinată probabil adăpostirii pisaniei celei vechi, sau a uneia noi, din anul 1839. In mijlocul frontonului triunghiular era practicată o fereastră ovală. Pe sub baza frontoanelor și pe sub acoperiș, biserica era înconjurată de un ornament liniar foarte puțin proeminent în afara zidăriei. Datorită ornamentului și al concepției, strașinile era aproape inexistente. Cele două ape ale acoperișului se terminau la nivelul acelui ornament sărăcăcios. Pe laturile de nord și de sud, pereții erau străpunși de câte trei ferestre dreptunghiulare, așezate în partea de jos. In acest fel se crea un dezechilibru între partea de jos a edificiului și cea de sus extrem de sărăcăcioasă.
De desfigurarea acelor reparații, din 1839, a scăpat numai clopotnița, dar și aceea a fost demolată în anul 1889. După spusele unor oameni în vârstă acea clopotniță era foarte înaltă, rivalizând cu vestitul Turn al Colții din București. Cei care au apucat să o vadă apreciau că înălțimea ei ar fi egalat șapte etaje. Nu s-a păstrat nici o imagine a ei prin schiță, desen sau pictură. În anii 1840-1841, noua biserică a fost pictată de pictorul craiovean Constantin Lecca.
Profesorul C.D.Fortunescu își amintea din anii 1880: Uneori ducându-mă în târg, spre locuința tatii, în loc ca de la Foișorul de Foc (în spatele Casei Albe de astăzi) să țin drumul drept până în strada uniri, o apucam la stânga, pe lângă căsuța bătrânească a lui Sabor Ștefănescu, pe ulicioara ce ducea pe lângă vechea primărie (pe locul blocului cu patru etaje din partea sudică a grădiniței English Park), de mult dărâmată (1922), trecând chiar prin curtea acesteia și pe sub gang, ieșeam în fața cârciumii lui Coșoveanu și de aici în dosul fierăriei lui Petrache Andreescu, pe lângă gardul bisericii Sfântul Ilie (nu menționează mănăstire), ctitoria cea veche a Otetelișenilor, cu clopotnița ei înaltă, a cărei singură temelie a rămas aceeași și azi, ieșită din linia trotuarului și după casele lui Crăpătoreanu, ieșeam pe din dos în curtea unde îmi locuiau părinții. Vechea Biserică Sfântul Ilie era mai mică decât cea de azi, cu un turn cu ceasornic în față.
Turmul cu ceasornic trebuie să fi fost chiar turnul clopotniței celei vechi, care fusese înzestrat cu un ceasornic în perioada de după renovarea din 1839. Atât biserica, cât și clopornița ei semeață, se aflau „mijlocul târgului”.
In lucrarea Istoria Generală, a lui Dionisie Fotino, această biserică era desemnată ca mănăstire, împreună cu bisericile Sfântul Dumitru, Obedeanu, Maica Precista ot Dud, Sfântul Gheorghe (poate „cel Nou”), Sf\ntul Nicolae- Gănescu, Sfântul Spiridon, și altă Sfântul Nicolae (probabil Sfântul Gheorghe Vechi care avea și hramul Sfântul Nicolae).
Nu există documente care să ateste mănăstiri decât la Obedeamu și la Sfântul Nicolae-Gănescu. Probabil că locuințele pentru preoți, cântăreți și poslușnici, precum și acareturile făceau ca aceste biserici să fie considerate mănăstiri. Informațiile lui Dionisie Fotino sunt, în acest caz, eronate.
Sfântul Ilie este cea mai centrală biserică din oraș, cuprinsă în inima centrului negustoresc.
Rușii, din armata de ocupație de după revoluția din 1848, au cerut-o drept locaș de închinăciune pentru ei, deși Episcopia de Râmnic și Protopopia Craiovei hotărâseră să li se pună la dispoziție biserica “ot Dud”, unde numai proții ruși să slujscă, ceilalți (cei români) să se ducă la alte biserici.
Rușii au preferat biserica Sfântul Ilie din două motive: era centrală și pentru că biserica Maica Precista ot Dud era prea apropiată de partea vestică a orașului, ocupată de armatele turcești. Craiova era ocupată atunci de cele două armate străine, rușii în partea de răsărit și turcii în partea de apus. Datorită apropierii de linile turcești biserica Maica Precista ot Dud s-ar fi dovedit nesigură, aceasta cu toate că era mai spațioasdă și mai înzestrată cu odoare. Pe tot timpul cât au rămas trupele de ocupăație rusești în Craiova, întrte 1848-1851, serviciile religioase cu character official au avut loc în această biserică, devenită astfel și catedrală vremelnică. După retragerea rușilor, în 1851, și-a pierdut acea calitate.
Catedrala orșului fusese din vechime biserica domnească Sfântul Dumitru, unde existau și odăi pentru șederea vremelnică a Episcopului de Râmnic, pe când făcea călătorii de control. Intre anii 1774-1779, episcopul de Râmnic s stat la biserica Obedeanu. Probabil că biserica mănăstirii a îndeplinit și ea rolul de catedrală.
După anul 1779, Episcopul Chesarie (Kesarie) s-a stabilit la mănăstirea Sfântul Nicolae-Gănescu. Ca urmare biserica acelui metoh s-a folosit drept catedrală până la sfârșitul anului 1863 (Arhiva Colegiului Național Carol I-ul, dosar 201, fila 596).
La 13 decembrie 1863 a apărut Legea Secularizării Averilor Mănăstirești, astfel că mănăstirea Sfântul Nicolae-Gănescu a fost afectată, rămânâd pentru un timp numai biserică de mie, cu venituri drastic diminuate. Chiliile ei au devenit sediu al tribunalelor și al restului celor aduși în fața judecății. Odată cu plecare episcopului și biserica și-a pierdut calitatea vremelnică de catedrală.
Inainte de ocupația rusească exista o altă prioritate în desemnarea bisericii de primă importanță. Astfel, în 1846, cârmuitorul Doljului, Iancu Bibescu, a poftit pe Inspectorul Școalei Centrale și pe profesori, la Te-Deum-ul ce urma să aibă loc la biserica Episcopiei în ziua de 8 septembrie, fiind ziua Doamnei. Apoi, la 5 decembrie 1853, Cârmuirea a poftity pe Inspector și profesori pentru un Te-Deum în cinstea Impăratului rusesc (Arhiva Colegiului Național Carol O-ul, dosar 262, fila 274).
Din cele două evenimente locale se înțelege că atât înainte de revoluțiadin 1848, cât și după pleacarea trupelor de ocupație, rolul de primă biserică a fost acordat bisericii Sfântul Nicolae- Gănescu, cu excepția anilor de ocupație rusească. Inainte de revoluție întâietatea bisericii domnești Sfântul Dumitru se pierduse datorită stării grave de deteriorare. De altfel, aceasta a fost închisă definitive în anul 1849. Biserica Obedeanu avea și ea greutăți în acea perioadă, așa că Biserica Sfântul Nicolae –Gănescu a păstrat rolul de catedrală până după legea secularizării. Odată cu anul 1864 a devenit biserică parohială (fără mănăsture), până în anul 1884 când a fost demolată pentru a se ridica în locul ei Palatul de Justiție.
In acele condiții a ajuns catedrală biserica Maica Precista ot Dud. După 1913, când aceasta a fost demolată, biserica Sfântul Ilie, reclădită în 1890, a devenit iarăși cea mai mare și mai centrală din oraș. De atunci și până în 1933, când s-a terminat și sfințit catedrala istorică Sfântul Dumitru, biserica Sfântul Dumitru a servit drept catedrală. După acea reconstrucție de la sfârșitul sec.al 19-lea, biserica a fost pictată de pictorul Ioanid din București, sub supravegherea eminentului pictor național Gheorghe Tăttărăscu. Pictura aceea poate fi admirată și astăzi.
La sfârșitul deceniului 2000-2010, biserica a fost reacoperită cu tablă de cupru, care strălucește în soare. Cu trecerea anilor aceasta se va oxida și va deveni verzuie, dar reprezenta un acoperământ rezistent.
La sfârșitul deceniului 2000-2010, biserica a fost reacoperită cu tablă de cupru, care strălucește în soare. Cu trecerea anilor aceasta se va oxida și va deveni verzuie, dar reprezenta un acoperământ rezistent.
In anii 1889-1890, biserica Sfântul Ilie a fost refăcută pentru a doua oară de membrii familiei ctitorului. A apărut o biserică luxoasă cu exteriorul decorat din cărămizi aparente, de culoare gălbuie, cu o arhitectură greu de precizat, dar, cu siguranță, netradițională. Inscripția așezată la terminarea noii clădiri, în 1890, arăta că noul lăcaș s-a ridicat pe locul celui vechi, cel zidit „pe la anul 1751 de Dvornicul Ilie Otetelișanu”. Inscripția a fost greșită din punctul de vedere al datării. In condica mănăstirii Hurezu se păstrează, în copie, testamentul primului ctitor, act care contrazice data zidirii la 1751. Dată acestui testament este 11 decembrie 1732 și în el se vorbește despre a mea dulce nădejde, biserica mea din Craiova. Biserica avea nevoie atunci să i se termine tâmpla și să fie acoperită din nou cu șindrilă.
Pentru a se simți nevoia refacerii unui acoperiș în 1732, trebuie ca locașul să fi avut o oarecare vechime, deci se poate conta pe zidirea lui între 1710-1715, așa cum s-a precizat la început.
Biserica s-a aflat pe fosta stradă Regina Maria la Nr. 1 (stradă devenită sub regimul comunist Str. 24 rebruarie). Prin anul 1925, această stradă era consemnată drept Strada Nouă și pornea din Str. A.I.Cuza și ajungea numai până în str. Lipscani. Ulterior, în anii 1930, strada a fost străpunsă până în Str. M. Kogălniceanu, despărțind curtea Bibliotecii Aman de grădina restaurantului Minerva. După evenimentele din 1989 strada a primit numele omului de cultură Nicolăescu-Plopșor.
Din veniturile acestai biserici, membrii familiei Otetelișanu au putut întreține mult timp școala de fete Lazaro-Otetelișanu, „în case luate cu chirie” și au contribuit, prin sârguința lui Grigore Otetelișanu, la înființarea Liceului Elena Cuza, liceu numit sub regimul comunist Școala Medie Nr. 3 și apoi Liceul de filologie-istorie. După evenimentele din decembrie 1989, tradiționalul așezământ școlar craiovean a reluat numele de Liceul Elena Cuza, iar în ultimul deceniu al sec.al 20-lea a devenit Colegiul Național Elena Cuza.
Având caracter privat, biserica Sfântul Ilie nu a pierdut din moșii cu ocazia secularizării, dar ulterior a fost afectată de expropieri. Ca urmare a făcut cu greu față la cheltuielile legate de susținerea învățământului craiovean de fete. Biserica a avut în proprietate moșia Calafatului, iar în 1826 avea 16 prăvălii în Craiova, date cu embalic (chirie), aproape toate grupate în jurul ei.
Parohia bisericii a avut întindere mare încă de la începuturi. Cu timpul, însă, numărul enoriașilor a scăzut datorită infiltrării multor străini în zona comercială centrală, străini cu alte credințe. Numărul de enoriași a scăzut atât înainte de al doilea război mondial, cât și după aceea, dar sarcina întreținerii școlii Lazaro-Otetelișanu se anulase de mult.
In istoria învățământului de fete craiovean s-au diatins doi membri ai ai familiei Otetelișanu. Ambii s-au aflat la conducerea Pensionatului Lazaro-Otetelișamu. Primul a fost Iordache Otetelișanu, urmat, prin moștenire, în 1844, de Aga Grigore Otetelișanu.
Deși acel pensionat a fost atribuit, încă de la început, în grija Epitropiei de la biserica Maica Precista ot Dud (Madona Dudu de astăzi), unele fonduri erau dirijate de la biserica Sfântul Ilie, ctitoria Otetelișenilor, Aceasta, cu toate că începând cu anul 1860 pensionatul, sau cum i se mai spunea Institutul Lazaro-Otetelișanu a trecut în grija statului.
Subvențiile bisericești către anumite unități școlare au continuat, sub diverse forme, până la proclamarea Republicii (sub formă de premii, burse, de ajutoare pentru elevii meritoși, cărți, icoane, etc.).
In anul 1870, epitropia bisericii Madona Dudu aăsura de a reorganiza corul înființat încă din 1856. Doi ani mai târziu, epitropia bisericii Sfântul Ilie i-a urmat exemplul, înființând o formație similară, care a funcționat multe decenii, cu unele întreruperi. Pe timpul reclădirii bisericii Madona Dudu (1913- 1932) a rămas singurul cor bisericesc din oraș. In 1933 a luat ființă și corul de la catedrala Sfântul Dumitru.
In perioada anterioară înființării societăților muzicale din Craiova: Buciumul (1900), Filantropia (1904), Hora (1904) și Armonia (1910), alături de formația similară de la Madona Dudu, corul bisericii Sfântul Ilie nu și-a limitat activitatea la cea pur religioasă, ci a urcat și pe scena culturală a orașului, contribuind la educația muzicală.